卡博替尼的副作用包括皮肤毒性、胃肠道毒性（严重的胃肠穿孔），严重出血（咯血、胃肠道出血，患有严重出血或近期出血或咯血史的患者禁用）、高血压、蛋白尿、肾病综合征、可逆性后部白质脑病综合症和生殖毒性。
那患者该如何应对这些副作用呢？（1）手术前至少停用卡博替尼给药28天，后续治疗需根据术后伤口愈合情况而定。（2）卡博替尼治疗期间定期监测尿蛋白，发生肾病综合症或可逆性后部白质脑病综合症的患者终止卡博替尼治疗。
（3）除此之外还需要定期监测肝功能；CBC与差异和血小板，血清电解质; 血压（开始前和治疗期间）；监测穿孔，瘘管，出血的体征和症状；手掌足底红斑综合征（PPES）；下颌骨坏死（在开始前和周期性期间进行口腔检查和治疗）。
